Madrasah Aliyah Putri Ma’arif Ponorogo beralamat di Jalan Sultan Agung NO. 81 Bangunsari Ponorogo. Madrasah ini beradasatu lokasi dengan Madrasah Tsanawiyah Putri Ma’arif Ponorogo, sehingga keduanya memiliki sejarah berdiri yang hampir sama. Kedua Madrasah ini memiliki sebutan yaitu Madrasah Mu’allimat.
Secara Singkat, Madrasah Tsanawiyah Ponorogo didirikan pada tahun 1955 dengan nama “ Madrasah Tsanawiyah Nahdlotul Ulama’. Lokasi yang ditempati adalah SRNU (Sekolah Rakyat Nahdlotul Ulama) yang sekarang menjadi SD Ma’arif Ponorogo, berada di kompleks Masjid NU Jalan Sultan Agung No. 81 Ponorogo karena menumpang di gedung SRNU, maka kegiatan belajar mengajar di madrasah ini dilaksanakan pada sore hari.
Seiring Dengan perkembangan pendidikan dan bertambahnya murid, meka lembaga ma’arif Ponorogo yang merupakan yayasan yang menangani madrasah tersebut menawarkan sebuah kebijakan agar Madrasah Tsanawiyah NU ini masuk Pagi. Karena kondisi Madrasah pada saat itu belum memiliki gedung sendiri, maka akhirnya pada tahun 1956 madrasah ini dipindah ke Pondok Durisawo. Sejak perpindahan ini, kegiatan belajar mengajar di madrasah di laksanakan pada pagi hari.
Selanjutnya, dengan memperhatikan arahan dan sasaran-sasaran Syuriyah NU beserta pengurus Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang Ponorogo kegiatan belajar mengajar di madrasah ini dipisahkan antara murid putra dan murid putri. Dalam kurun waktu kurang lebih tiga tahun, tepatnya pada tahun 1958 Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang Ponorogo harus mulai memikirkan kelanjutan belajar dan siswi-siswi Madrasah Tsanawiyah yang telah menyelesaikan studinya. dengan kata lain, untuk menumpang minat belajar pada alumninya dan perlu adanya wadah tersendiri. Akhirnya Madrasah Tsanawiyah yang putra dirubah namanya menjadi “ Muallimin Lengkap NU Enam Tahun” dan menempati gedung SMP NU (Sekarang SMP Ma’arif Jl. Batoro Katong Ponorogo). Sedangkan MTs Putri dirubah nemanya menjadi “ Madrasah Mu’allimat Lengkap Enam Tahun’ dan kembali menempati lokasi di sekitar Masjid NU di Jl. Sultan Agung No. 81 Ponorogo.
Pada tahun itulah Madrasah Aliyah Putri Ma’arif dimulai, yaitu dengan naiknya siswi kelas III Ke Kelas IV Madrasah Mu’alimat NU Ponorogo. Hanya saja, karena kurang lengkapnya pengelolaan administrasi madrasah pada saat itu, Madrasah Aliyah Mu’alimat yang notabenenya lanjutan dari MTs Putri, baru disahkan oleh Lembaga Pendidikan Ma’arif. berdirinya pada tanggal 1 januari 1962 dengan akta pengesahan pendiri oleh LP Ma’arif Cabang Ponorogo Nomor. 02/MA/62/1982.
Dalam perkembangans elanjutnya, terkait dengan dinamika kebijakan dari pemerintah melalui SKB 3 Menteri tahub 1978 mengharuskan Madrasah Mu’allimat lengkap enam tahun dirubah menjadi jenjang MTs dan MA, dan akhirnya untuk siswi kelas 1,2,3 menjadi MTs Putri Ma’arif dan siswi kelas 4,5,6 menjadi siswi MA Putri Ma’arif.